370年十一月初七，前秦对前燕发动灭国战争，时任前燕散骑侍郎的扶余蔚率领扶余、高句丽及上党丁零的人质，趁夜打开邺城北门让秦军进入，邺城陷落，前燕灭亡。后赢得苻坚信任，任前秦荥阳太守。
384年正月，任前秦荥阳太守的扶余蔚和昌黎的鲜卑人卫驹各率己兵投降了在淝水之战后力图恢复燕国的慕容垂。由于慕容垂在前燕遭受迫害，投靠了前秦，前秦对前燕发动灭国战争的就是他，所以扶余蔚没有被责罚，反而在慕容垂帐下得到重用，被封为“征东将军，左司马，扶余王” ；392年再追封“左仆射” ；396年慕容垂去世后更是被任命为慕容宝的“太傅” 。
