起家为佐著作郎。累迁尚书吏部郎，掌典选，进达有方，性平和，不抑寒素。补吴兴太守，有德政。
女儿成为皇后，迁光禄大夫，领五兵尚书、本州大中正，封建昌县侯，辞让不受。改授都督京口诸军事、左将军、徐州刺史、假节，再次辞让。谢安以褚裒故事劝说他，方接受任命，镇于京口。
不久，征拜尚书左仆射，将军如故，迁丹阳尹，即本军号加散骑常侍。王蕴因为自己是外戚，不想在朝内，一再请求外任，被任命为都督浙江东五郡、镇军将军、会稽内史，常侍如故。
嗜酒，晚年尤为严重。在会稽内史任上时，常终日不醒。但为政和简，为百姓所悦。知人，有识鉴，次子王恭与王忱交好，王蕴看出他们个性不合，交情不会维持始终，后来王恭与王忱果然反目。
太元九年（384年）去世，时年五十五岁，追赠左光禄大夫、开府仪同三司。有五子：王华、王恭、王熙、王履、王爽。
