孙乾最初被名士郑玄推举给州里，后刘备领徐州牧，便辟他为从事。建安元年(196年)，刘备被吕布击败后，孙乾也跟随刘备流亡四方。建安五年(200年)，刘备背叛曹操，想向北与袁绍联合，便派孙乾出使与袁绍结盟。
建安六年(201年)，刘备被曹操击败，向南投靠刘表，遣孙乾和麋竺先与刘表见面，各种事情都处理得很妥当，刘备都十分满意，与麋竺、简雍同任左将军从事中郎。刘表曾写信给袁尚，信中说自己每与刘备、孙乾谈及袁尚、袁谭兄弟自伤残杀的事，没有不感到心痛悲伤，可见刘表对孙乾十分看重。
建安十九年(214年)，刘备占领益州，孙乾被拜为秉忠将军，其待遇仅次于麋竺，与简雍相同。不久，孙乾便病逝。
